غطت "قناة الجزيرة مباشر" بشكل واسع الاحتجاجات الشعبية المناوئة للانقلاب العسكري في السودان، وسط حملة قمع كبيرة على المتظاهرين ورقابة شديدة على الوسائل الإعلامية، ووفقا للجنة "أطباء السودان المركزية"، وهي مجموعة مسعفين مؤيدين للحركة الاحتجاجية، فإن عدد قتلى الاحتجاجات ارتفع إلى 64 شخص منذ بداية الإنقلاب. وقد وثق الاتحاد الدولي للصحفيين اغلاق عدد من المؤسسات الصحفية وإعتقالات تعسفية للصحفيين.
وقالت "قناة الجزيرة" في بيان لها، أن وزارة الإعلام بالخرطوم، أبلغتها بقرارإغلاق مكتب الجزيرة مباشر وسحب ترخيص المراسل محمد عمر والمصور بدوي بشير، بدعوى "النقل غير المهني للشأن السوداني" و"ضرب النسيج الاجتماعي بالبلاد وبث محتوى إعلامي مخالف لسلوكيات وأعراف وأخلاقيات المهنة وأدبيات الشعب السوداني. "
واستنكرت "قناة الجزيرة" هذا القرار واعتبرته إعتداءا على مبدأ حرية الصحافة، ودعت المنظمات الإنسانية والإعلامية الدولية إلى إدانة التعدي على سلامة الصحفيين.
ومنعت "قناة الجزيرة" التي تتخد من العاصمة القطرية " الدوحة" مقرا لها، بعد قرار سحب الترخيص من التغطية الإخبارية للأحداث في السودان، مثل التظاهرات المؤيدة للديمقراطية.
وسبق أن داهمت القوات الامنية السودانية، منزل مدير مكتب "الجزيرة" في الخرطوم المسلمي الكباشي واعتقلته يوم 14 نوفمبر/تشرين الثاني 2021، غداة احتجاجات مدنية ضد سيطرة الجيش على السلطة، وكما إقتحمت مكتب "التلفزيون العربي" في العاصمة الخرطوم، واعتقلت أربعة اعلاميين من طاقم المحطة التلفزيونية يوم 13 كانون ثاني/ يناير2022، وحجبت العديد من المواقع الإخبارية.
وقال أنطوني بيلانجي، أمين عام الإتحاد الدولي للصحفيين: "نؤكد تضامننا مع صحفيي شبكة الجزيرة وجميع الصحفيات والصحفيين الذين يتعرضون لحملة قمع شرسة من قبل الجيش السوداني بسبب قيامهم بعملهم. ومع تواصل زيادة قائمة الصحفيين المعتقلين والمؤسسات الاعلامية الموقوفة عن العمل في السودان، فإننا ندعو المجتمع الدولي إلى عدم تجاهل ما يجري في السودان. كما إننا نطالب بإطلاق سراح جميع الصحفيين والعاملين الإعلاميين المعتقلين فورا."